С 1913 учитель школы на ст. Бухэду на КВЖД. После 1917 преподавал в железнодорожном училище Харбина. Участник четырех научных экспедиций. Собрал значительные коллекции бабочек и жуков. Член Русского географического общества, Читинского отделения Общества русских ориенталистов. В 1921—35 журналист харбинской газеты «Слово». Создал фирму «Натуралист» в Харбине, в которую входили библиотека, книжный и писчебумажный магазин, где продавались в т. ч. изготовленные им чучела птиц. Коллекция птиц, препарированных Ф., ныне находится в Зоологическом институте РАН. В 1935 выехал через Шанхай в США. В 1937 издал альбом фотографий «Форт Росс — аванпост былой славы России в Америке». Один из организаторов Русского исторического общества в Сан-Франциско, преобразованного позже в Музей русской культуры.

Похоронен на Сербском православном кладбище в Колме (Сан-Франциско).

Жена: Елена Георгиевна. Сын: Павел. Дочь: Ольга.

Фотография захоронения взята из общедоступных интернет-источников

Соч.: Три рассказа из жизни животных. Харбин, 1915; По Забайкалью, Маньчжурии и США / Сост. Т.В. Пищикова. Калуга, 2001.

Лит.: Петряев Е.Д. Краеведы и литераторы Забайкалья. Чита, 1981; Александров Е.А. Русские в Северной Америке: Биографический словарь. Хэмден, Сан-Франциско, СПб., 2005. С. 523; Франкьен И.Ж., Шергалин Е.Э. Александр Павлович Фарафонтов (1889—1958) — натуралист, писатель и общественный деятель Русского Зарубежья // Русский орнитологический журнал. 2011. Экспресс-выпуск; Российское научное зарубежье: Материалы для биобиблиографического словаря. Пилотный вып. 6: Естественные науки. XIX — первая половина ХХ в. / Сост. М.Ю. Сорокина. М., 2011. С. 307—308.