Из дворянской семьи. Окончил Смоленское реальное училище, учился в Петровской сельскохозяйственной академии, не закончил из-за участия в студенческих беспорядках. Арестован, выслан сначала в Томск, затем в Могилевскую губ. В 1894—98 учился в Брюссельском университете (Бельгия). По возвращении в Россию в 1899 сотрудничал с Русским экономическим обществом и др. Издавал, вместе с Е.Д. Кусковой и В.Я. Богучарским, общественно-политический ж. «Без заглавия» (1906). Член редколлегий г. «Товарищ» и «Новая жизнь» (1907). В декабре 1910 арестован за принадлежность к социал-демократической партии. Доктор философии Бернского университета (1913; Швейцария), дисс. «Кооперативное движение в России. Его теория и практика». После Февраля 1917 возглавил Экономический совет при Временном правительстве, председатель правления Совета Всероссийских кооперативных съездов; министр торговли и промышленности (с 24 июля), продовольствия Временного правительства (с 25 сентября). 19 января 1918 арестован большевиками, выслан в Кронштадт, вернулся через полгода. С весны 1918 участник «Союза возрождения России». В 1919—20 последний декан юридического факультета Московского университета. В 1920 зав. кафедрой политэкономии Московского сельскохозяйственного института. В 1921 один из организаторов и руководителей Всероссийского комитета помощи голодающим. 22 сентября 1921 арестован ЧК по обвинению в шпионаже в пользу иностранных государств. Приговорен к ВМН, которую заменили ссылкой во внутренние губернии России (Тотьма Вологодской губ.; с конца января 1922 в Кашине (Тверская губ.).  В июне 1922 выслан из России. Жил в Берлине (Германия). Один из организаторов Русского научного института, в 1923—24 декан его экономического отделения. Организатор в 1922 Института по изучению народного хозяйства СССР в Берлине, в 1924 перенес его в Прагу (Чехословакия). Издавал «Экономический вестник», «Русский экономический сборник», «Русский экономический бюллетень» и др. Одновременно вел семинар при Русском народном университете (Прага), возглавлял там же научное общество по изучению хозяйственного быта, выступал с докладами в Институте изучения России, Русском юридическом обществе и др. Член Союза русских писателей и журналистов в Чехословакии. С 1931 член Бюро по изучению  СССР в Бирмингеме (Великобритания). В 1939 эмигрировал в Женеву (Швейцария).

Прах захоронен на кладбище Сент Жорж в Женеве.

Отец: Николай Алексеевич, генерал-майор. Мать: Александра Федоровна. Жена: Екатерина Дмитриевна Кускова (1869—1958), общественный деятель.

Рисунок Арцыбушева, 1917 г.

Библ.: Материалы для библиографии русских научных трудов за рубежом (1920—1930) / Под ред. Е.В. Спекторского. Т. 1. Белград, 1931. № 313. С. 248—249; Труды русской, украинской и белорусской эмиграции. Т. 1. Ч. 2. Прага, 1996. С. 600—601.

Соч.: Рабочее движение на Западе. СПб., 1899; Проблемы социализма. Развитие социалистической мысли во Франции. СПб., 1911; Очерки хозяйства Советской России. Берлин, 1923; Крестьянское хозяйство бюджетных исследований и динамических переписей. Берлин, 1924; Народное хозяйство СССР. Нью-Йорк, 1952. Т. 1—2.

Лит.: Юрьевский Е. О С.Н. Прокоповиче // Новый журнал. 1955. Кн. 42; Ковалевский П.Е. Наши достижения. Роль русской эмиграции в мировой науке. Вып. 1. Мюнхен, 1960. С. 30—31; Ковалевский П.Е. Зарубежная Россия. Париж, 1971. С. 101, 102, 158; Дмитриев А.Л. С.Н. Прокопович как статистик: (К 125-летию со дня рождения) // Вопросы статистики. 1996. № 12. С. 65—69; Русское зарубежье. Золотая книга эмиграции. Первая треть ХХ века: Энциклопедический биографический словарь. М., 1997. С. 516—518 (авт. Телицын В.); Елисеева И.И., Дмитриев А.Л. Статистики русского зарубежья. СПб., 1998. С. 67—76; Хроника культурной, научной, и общественной жизни русской эмиграции в Чехословацкой республике / Под ред. Л. Белошевской. Т. 1—2. Прага, 2000—2001; Корицкий Э.Б., Нинцева Г.В., Дмитриев А.Л., Шетов В.Х. Экономисты русской эмиграции. СПб., 2000; Политические деятели России. 1917. Биографический словарь. М., 1993. С. 260—261 (авт. М.Е. Голостенов); Серков А.И. Русское масонство 1731—2000: Энциклопедический словарь. М., 2001. С. 668—669; Волков В. А., Куликова М. В., Логинов В. С. Московские профессора XVIII — начала ХХ веков. Гуманитарные и общественные науки. М., 2006. С. 200—201; Общественная мысль Русского зарубежья: Энциклопедия. М., 2009. С. 482—485 (авт. А.Л. Дмитриев); Norton В. Eshche raz ekonomizm: E.D. Kuskova, S.N. Prokopovich and the Challange to Russian Social Democracy // Russian Review. 1986. Vol. 45. № 2; Struve N. Soixante-dix ans d’émigration russe (1919—1989). P., 1996; Raymond B., Jones J.D. The Russian Diaspora, 1917—1941. Lanham, 2000. P. 172—173.

Некр.: Незабытые могилы. Российское зарубежье: Некрологи 1917—1997: В 6 т. / Сост. В.Н. Чуваков и др. М., 2005. Т. 6, кн. 1. С. 55.