Окончил караимскую приходскую школу в Симферополе, Охтинское ремесленное училище (1884) и гимназию Гуревича (1886—94) в СПб., факультет восточных языков Санкт-Петербургского университета по арабо-персидско-турецко-татарскому разряду с дипломом 1-й степени (1894—99). Оставлен для подготовки к профессорскому званию. В 1901—07 командирован в Персию для изучения азербайджанского и персидского языков; преподавал русский язык наследнику персидского престола Мохаммеду-Али (шах Ирана с 1907). Собрал коллекции религиозных мусульманских изображений и старинных восточных монет. С 1909 служил по МИД, драгоман и преподаватель азербайджанского языка в Учебном отделении восточных языков МИД. С 1909 лектор турецкого языка на факультете восточных языков Санкт-Петербургского университета. Член Русского археологического и Русского географического обществ, товарищ председателя Общества русских ориенталистов. В 1915 единогласно избран духовным и светским главой караимов — Таврическим и Одесским гахамом караимским с местопребыванием в Евпатории. В марте 1919 эмигрировал в Константинополь. Служил в библиотеке султанских дворцов. В 1927 избран Гахамом и переехал в Вильнюс (Польша), где возглавил караимское духовенство и занимался преподавательской деятельностью. С 1929 член-сотрудник Польской академии наук. С 1928 член, с 1935 вице-председатель Польского товарищества ориенталистов. Доктор философии (1930) Львовского университета за работу «Тюрко-караимы Крыма». Читал лекции в Краковском, Львовском, Варшавском университетах. С 1939 экстраординарный профессор по кафедре восточных языков Вильнюсского университета. В 1940, после оккупации Литвы советскими войсками, отказался от должности гахама. Создал в г. Тракай музей караимов. Основал общество любителей истории и литературы караимов, открыл караимский храм. С 1947 старший научный сотрудник Института истории и права АН Литовской ССР.

Похоронен на татаро-караимское кладбище в Вильнюсе.

Библ.: Zajgсzkоwsкi Wl. Bibliografia prac J. E. H. Seraji Szapszala, Hachama Karaimow w Polsce. 1896—1937 // Mysl karaimska. 1939, z. 12. P. 6—10; Библиографический словарь отечественных тюркологов:  Доокт. период / Подг. А.Н. Кононов. 2-е изд., переработ. М, 1989. С. 252; Карская Л.Н. Аннотированная библиография отечественных работ по арабистике, иранистике и тюркологии. 1818—1917. М., 2000.

Соч.: Караимы и Чуфут-Кале в Крыму. СПб., 1896; О двух грамотах турецкого султана Абдуль Хамида I-го. Симферополь, [1913]; Хрестоматия и турецко-польский словарь. Вильно, 1932 (на тур. и пол. яз.); Изображение мусульманских святых и влияние католической иконографии в Персии и персидско-польские отношения при Сигизмунде III. Вильно, 1934 (на пол. яз.); Образцы народной литературы тюрков Персидского Азербайджана (введ., тексты, переводы и словарь азербайджанско-польско-немецкий). Краков, 1935 (по-тюркски и на пол. яз.); Ярлыки и худжеты крымских ханов и кадиэскеров XVII и XVIII вв. Истанбул, 1928 (на тат. яз.); Караимско-польско-русский словарь / Под ред. Н.А. Баскакова, А. Зайончковского, С.М. Шапшала. М., 1974.

Лит.: Баскаков Н.А., Тинфович М.С. С.М. Шапшал: (К 100-летию со дня рождения) // Советская туркология. 1973. № 3. С. 119—121; Караимская народная энциклопедия. Т. 1. М., 1995; Петров-Дубинский О.В. С.М. Шапшал (Эдиб-Ус-Султан) — учитель наследника персидского престола // Восток. 2007. № 5. С. 64—78; Российское научное зарубежье: Материалы для биобиблиографического словаря. Пилотный вып. 3: Востоковедение. XIX — первая половина ХХ в. / Авт.-сост. М.Ю. Сорокина. М., 2010. С. 219—221; Российское научное зарубежье: Биобиблиографический справочник / Сост. М.Ю. Сорокина. М., 2011. С. 649; J.Е.Н. Seraja Bey Szapszal Hacham Karaimski Rzeczypospolitej Polskiej // Mysl karaimska. T. 1. 1928, z. 4. P 5—7; Zajасzkоwski W.J. Seraja Szapszat   (8.V.1873 — 18.X1.1961) // Rocznik Orientalistyczny. 1962. 41. P. 91—92.