Окончил историко-филологический факультет Петербургского университета (1893), специализировался по философии у А.И. Введенского. Приват-доцент кафедры философии того же университета (1897—1913). В 1900 преподавал логику в Александровском лицее, психологию — на Высших (Бестужевских) женских и Военно-педагогических курсах в СПб. Доктор философии (1906). С 1913 экстраординарный профессор, затем ординарный профессор, заведующий кафедрой философии Петербургского университета. В ноябре 1922 выслан из России. Поселился в Берлине (Германия). С января 1923 жил в Праге (Чехословакия). Профессор Русского юридического факультета, Русского педагогического института и Карлова университета. Участник литературно-музыкального объединения «Збраславские пятницы» (1923—25). Председатель Философского общества при Русском народном университете, вел кружок по психологии творчества. В конце 1940-х при посредничестве Е.Д. Стасовой предпринимал попытки вернуться в СССР.

Похоронен на Ольшанском кладбище в Праге.

Библ.: Материалы для библиографии русских научных трудов за рубежом (1920—1940) / Под ред. Е.В. Спекторского. Т. 1. Белград, 1931. №  219. С. 181—183; Там же. Т. 2. Белград, 1941. №  161. С. 188.

Соч.: О мотивации человеческих поступков. СПб., 1904; Законы мышления и формы познания. СПб., 1906; Проблема чужого «Я» в новейшей философии. СПб., 1910; Художественное творчество. Пг., 1922; Философия изобретения и изобретение в философии. Прага, 1924 (то же: М., 1999); Феноменология. Прага, 1931; Доклады и лекции. Прага, 1945; Миф и диалектика в философии Платона // Философские науки. 1991. № 4; Опровержение солипсизма // Там же. 1992. № 3; И.И. Лапшин. Письма из Праги / Предисл., публ. и коммент. Л.Г. Барсовой // Из фондов Кабинета рукописей Российского института истории искусств. СПб., 1998; Письма И.И. Лапшина к Н.И. Забеле-Врубель / Вступ. заметка, публикация и комментарий Л.Г. Барсовой // Звезда. 1999. № 12; Неизданный Иван Лапшин. СПб., 2006.

Лит.: Ковалевский П.Е. Наши достижения. Роль русской эмиграции в мировой науке. Вып. 1. Мюнхен, 1960. С. 44, 45; Ковалевский П.Е. Зарубежная Россия: История и культурно-просветительная работа русского зарубежья за полвека (1920—1970). Париж, 1971. С. 189; Лосский Б.Н. Наша семья в пору лихолетья 1914—1922 // Минувшее: Исторический альманах. Т. 11, 12. М., 1992—1993; Лосский Б. В русской Праге (1922—1927) // Там же. Т. 16. М.; СПб., 1994; Барсова Л. Г. И.И. Лапшин. Жизнь и труды // Звезда. 1997. № 10; Столович Л. Н. И.И. Лапшин и К.С. Станиславский // Вопросы философии. 1999. № 10; Хроника культурной, научной, и общественной жизни русской эмиграции в Чехословацкой республике / Под ред. Л. Белошевской. Т. 1—2. Прага, 2000—2001; Высылка вместо расстрела: Депортация интеллигенции в документах ВЧК—ГПУ 1921—1923. М., 2005; ««Очистим Россию надолго…» Репрессии против инакомыслящих. Конец 1921 — начало 1923 г.: Документы / Сост.: А.Н. Артизов и др. М., 2008; Andreyev C., Savický I. Russia Abroad. Prague and the Russian Diaspora, 1918—1938. New Haven, L., 2004.