Окончил Ришельевскую гимназию в Одессе, медицинский факультет университета св. Владимира в Киеве (1887). Сверхштатный младший медицинский чиновник при медицинском департаменте МВД (1899). Доктор медицины (1901). Дисс. «Об обеспложивании рук» подготовил при клинике акушерства и женских болезней Военно-медицинской академии, руководимой Г.Е. Рейном. С декабря 1901 помощник врачебного инспектора Приморской обл. во Владивостоке. С 1910 в отставке. Затем вольнопрактикующий врач во Владивостоке и СПб. После 1918 в эмиграции в Египте, Королевстве сербов, хорватов и словенцев. Вольнопрактикующий врач, одновременно в 1927—33 вел прием в амбулатории Российского общества Красного креста (старая организация) в Белграде. Преподаватель патологии на медицинском факультете Белградского университета.

Похоронен на Новом кладбище в Белграде (уч. 90).

Брат: Михаил (1902—1933), общественный деятель, писатель. Жена: Зиновия (Зинаида) Цесарьевна (ур. Гадомская; ум. 1925). Дочь Вера (р. 1888). Сыновья: Павел (р. 1886), Николай (р. 1889).

Библ.: Материалы для библиографии русских научных трудов за рубежом (1920—1940) / Под ред. Е.В. Спекторского. Т. 1. Белград, 1931. № 8. С. 5; То же. Т. 2. № 6. С. 5.

Соч.: Бескровная операция фимоза и ущемление головки крайней плотью. СПб., 1892; К вопросу об обеспложивании рук. СПб., 1901; Об удушающих газах, применяемых неприятелем на фронте. Пг., 1916.

Лит.: Литвињенко С. Руски лекари у Србиjи и Црноj Гори. Београд, 2007; Васильев К.К. Доктор медицины Николай Епифанович Акацатов (1860—1933) // Матеріали науково-теоретичної конференції викладачів, аспірантів, співробітників та студентів гуманітарного факультету. 21—25 квітня 2008 р. Суми, 2008. Ч. 4. С. 112—114; Сорокина М.Ю. Материалы для биобиблиографического словаря «Российское научное зарубежье». Пилотный выпуск 1: Медицинские науки. XIX - первая половина ХХ в. М., 2010. С. 14—15 (авт. К.К. Васильев).

Некр.: Незабытые могилы. Российское зарубежье: Некрологи 1917—1997: В 6 т. / Сост. В.Н. Чуваков. М., 1999. Т. 1. С. 40.