Окончил Тенишевское училище в СПб. (1898—1906). Учился на физико-математическом факультете Петербургского университета (1906). В 1905—06 член большевистской фракции Северного Союза учащихся средних школ, член его ЦК. В 1906 арестован за издание сборника революционных песен. В 1907 вновь арестован по обвинению в принадлежности к боевой организации эсеров. Провел несколько месяцев в тюрьме «Кресты», сослан на 3 года в Тобольскую губ. В декабре 1907 бежал за границу (Франция, Швейцария). В 1909—13 учился на медицинском факультете Сорбонны; диссертация «Недостаточность печени у больных легочным туберкулезом» (1916). В 1914—18 врач-доброволец во французской армии и Русском экспедиционном корпусе во Франции и Македонии. Начальник санитарного отдела этого корпуса (1917). Младший, старший ассистент, зав. лабораторией парижских городских больниц. Бакалавр (1920). Гражданин СССР (с 1923). Член коммунистической партии Франции (с 1926). В 1923—28 представитель Бюро заграничной информации Народного комиссариата по здравоохранению во Франции. В 1932—33 по приглашению Рокфеллеровской миссии находился в США. В 1934—39 жил в Париже, читал курс здравоохранения и гигиены в Рабочем университете. С 1938 официальный корреспондент советского ж. «Иностранная литература» во Франции. В июне 1941 арестован; содержался в лагере Ле Верне, затем в концлагере Джельфа в Алжире. Летом 1943, через Тунис, Алжир, Египет, Палестину, Иран и Ирак, прибыл в Красноводск (СССР). С января 1944 жил в Москве. В 1944—47 и. о. ассистента кафедры общей гигиены лечебного факультета 1-го Московского медицинского института. Доктор медицинских наук (1944). С 1948 старший научный сотрудник Института здравоохранения и истории медицины Академии медицинских наук СССР, с 1959 — Института общей и коммунальной гигиены им. А.Н. Сысина той же Академии (до 1963). Автор более 200 научных работ по проблемам геронтологии, организации медицины и социальной гигиены.

Похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве.

Отец: Николай Александрович (1862—1946), книговед, библиопсихолог, общественный деятель. Мать: Надежда Ивановна (ур. Игнатьева; ум. 1930), преподаватель. Жена: в 1-м браке — Фанни (ум. 1918), во 2-м браке — Габриэлль Дюшен.

Соч.: Новый метод терапевтического применения бактериофага. Харьков, 1925; Пситтакозис. Харьков, 1930; Похвала старости. М., 1966; Рубакин. М., 1967; Французско-русский медицинский словарь. М., 1974.

Восп.: Французские записи. 1939—1943. М., 1947; В водовороте событий. Воспоминания о пребывании во Франции в 1939—1943 гг. М., 1960; Над  рекою времени. М., 1966.

Лит.: Сальников Г.П. Жизнь и деятельность А.Н. Рубакина // Советская медицина. 1981. № 2. С. 114—116; Алексеев А.Д. Литература русского зарубежья. Книги 1917—1940: Материалы к библиографии. СПб., 1993. С. 465—466; Русские писатели. 1800—1917: Биографический словарь. Т. 5. М., 2007. С. 378—379 (авт. О.А. Сайкин); Сорокина М.Ю. Материалы для биобиблиографического словаря «Российское научное зарубежье». Пилотный выпуск 1: Медицинские науки. XIX — первая половина ХХ в. М., 2010. С. 184—186.

Некр.: Литературная Россия. 1979. 5 мая; Литературная газета. 1979. 30 мая.